Innerhalb des Kirchspiels gab es um 1250 noch eine Kirche in Groß Ippener und Kapellen, die von Harpstedter Geistlichen mitversorgt wurden. Sonst wissen wir aus der vorreformatorischen Zeit wenig. Nach dem Chronisten Redeker (1682-1764) hieß die erste Kirche von Harpstedt Martinskirche. Ober die Geistlichen dieser Zeit weiß man wenig. Der erste, der 1301 erwähnt wird, trägt den Namen Willekinns. Schon damals wirkten meistens gleichzeitig 2 Geistliche.
1547 wurde die Reformation eingeführt. Da Harpstedt zum Fürstbistum Münster gehörte, 20 Jahre später als in den umliegenden Grafschaften Oldenburg, Hoya und Diepholz - nach der Eroberung Harpstedts durch Graf Anton von Oldenburg. Der Beauftragte des Grafen teilte dem /den damaligen Geistlichen kurz und bündig mit: "Ab sofort wird der Gottesdienst nur noch in lutherischer Weise gehalten. Im übrigen, wenn ihr wollt, könnt ihr heiraten." Der erste lutherische Geistliche hieß Gerhard Lohne. Die Namen aller in Harpstedt seit 1547 bis heute amtierenden Geistlichen sind bekannt. Die 2. feste Pfarrstelle wurde 1619 errichtet.
1626 brannte die Martinskirche mit dem größten Teil des Fleckens ab. Man weiß nicht, wie sie ausgesehen hat. 1627 wurde die Kirche aufgebaut, zweifellos kleiner als die heutige. Über diese Kirche gibt es ein schematisches Bild. Sie erhielt schon 1629 eine Orgel, die 1679 und 1709 durch größere ersetzt wurde. Gottesdienst wurde häufiger als heute abgehalten: zweimal sonntags, einmal mittwochs und freitags. In der Erntezeit entfiel die Freitagspredigt.
1739 verheerte abermals eine Feuersbrunst den Flecken Harpstedt. Nach dieser Katastrophe wurde der Flecken mit breiten und rechtwinkeligen Straßen wieder aufgebaut. Die neue Kirche wurde im barocken Stil - schöner und größer als vor dem Brande - von 1742 bis 1753 errichtet. Sie kostete 17.522 Thaler. Bei Geldmangel wurde der Bau unterbrochen. Der Turm blieb unvollständig. Bei der Einweihung durch Superintendent Lunde aus Sulingen erhielt die Kirche den Namen "Kirche Christi". Die Orgel konnte erst 1766 gebaut werden. 1860 ergab sich die Möglichkeit, den Turm zu vollenden. Statt der im Entwurf geplanten Barockkuppel gab man ihr einen viereckigen Turm als Abschluss. Er ist ein weit sichtbares Zeichen unseres Fleckens.
Bis 1860 lag der Friedhof bei der Kirche. Die Leichen wurden im Trauerzug aus den Häusern geholt und "um die Kirche gesungen". Die Leichenpredigt wurde in der Kirche gehalten. Die Kirchengemeinde legte am Börder Weg einen neuen Friedhof großzügig an.Anstelle der alten, 1940 bei einem Fliegerangriff zerstörten Friedhofskapelle wurde 1959 eine neue gebaut. Mit einem Erweiterungsbau soll noch in diesem Jahr begonnen werden.
1967 wurde auf Wunsch (besser gesagt: auf Geheiß) des Superintendenten die "Zufluchtskirche" in Dünsen gebaut . Sie hat einen schönen Gottesdienstraum, wird aber zu wenig von den Dünsener Gemeindegliedern angenommen.
Auch die Christuskirche in Harpstedt erlitt im 2. Weltkrieg Bombenschaden. Sie wurde gründlich renoviert und mit neuem Gestühl ausgestattet. Anfang der 70-er Jahre wurde die Orgel gründlich renoviert und klanglich verbessert. Vor wenigen Jahren ist das in der II. Kirchstraße stehende, denkmalsgeschütze Pfarrhaus mit Gemeinderäumen von Grund auf restauriert worden. Es ist ein Schmuckstück und trägt den Namen Altes Pfarrhaus.
Seit 1987 erklingt vom Kirchturm ein neues Glockengeläut, da die alten gusseisernen Glocken Sprünge hatten. Die Spendenfreudigkeit war so groß, dass 4 neue bronzene Glocken angeschafft werden konnten. Sie ertönen wunderbar klingend in den Tönen a, fis, e und cis. In jede Glocke ist eine Inschrift eingegossen. Auf der zweitgrößten - der Friedensglocke - ist die Vorgängerin unserer Kirche, die 1627 nach einem Brand wiedererbaute Martinskirche, abgebildet. Die Inschrift auf dieser Glocke lautet: "Der Herr segne euch". Dass dieser Segen Gottes, der den Menschen zugesagt ist, die zu ihm gehören, wirksam wird, an diesen Wunsch erinnert der Klang dieser Glocke Sie mahnt zum Frieden, den Gott uns verheißen hat und in dem wir miteinander leben sollen.